مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته که قصد جان رئیس جمهور را کرده است، را بیابند. در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.

 جنگ بزرگی بین ارتش کریپتونسول ها و مردا ایکس رخ می دهد که عامل این ها ، ظهور مردی از دل کویری در یکی از سیاره های دور از کهکشان راشیل است که با قدرت مهار نشدنی اش ، جنگی به پا می کند که به نبرد آخار الزمان معروف است و …

قبل از اینکه «چارلز ژاویر» (جیمز مک‌آووی) و «اریک لنشر» (مایکل فسبندر) به نام‌های پروفسور ایکس و مغناطیس مشهور شوند، دو مرد جوان بودند که به قدرت‌های بخصوصشان پی می بردند. قبل از اینکه به دشمنان قسم خورده تبدیل شوند، آن‌ها بهترین دوستان یکدیگر بودند و به همراه دیگر جهش یافتگان در مقابل بزرگترین تهدید جهان صف آرایی کردند. و در همان زمان بود که اولین اختلافات در بین آن دو شکل گرفت...

«سوپرمن» بعد از نبردی با «ژنرال زاد» که منجر به نابودی سیاره اش کریپتون، تلاش می کند تا دریابد غیر از خودش کس دیگری نیز نجات یافته است یا خیر. به همین دلیل شش سال از دنیا دور می می ماند. زمانی که باز می گردد درمی یابد که دنیا به قهرمانی چون او دیگر نیازی ندارد و محبوبش «لوا لین» نیز در غیاب او صاحب معشوق و زندگی تازه ای شده است. همزمان دشمن قدیمی او، «لکس لاتور» شیطان صفت نیز که به تازگی از زندان آزاد شده، سرگرم طراحی نقشه های پلید تازه ای است. سوپرمن برای نجات دنیا و به چنگ آوردن عشق محبوب پیشین خود ناچار به مبارزه در دو جبهه می شود.